09/04 File.646 憎惡之村

患了感冒的柯南、蘭、和小五郎，以及服部和和葉收到了一封來自東奧穗村的信，信中寫道：“我找到了工藤新一在1年前解決的那個案件的漏洞。在給服部的信中，還夾帶著一封寫給“工藤新一”的信。
於是，柯南他們來到了東奧穗村的政府辦公室了解情況，得知寄信人屋田誠人、也就是在1年前的案件中幫助工藤新一一起尋找證據的年輕人，已經於半年前失蹤了。之後，當村民們聽到柯南他們說到“工藤新一”的名字時，態度立刻大為改變...。
之後，柯南獨自來到寫給“工藤新一”的那封信上提到的山上的小屋，竟然被關在了小屋裡。此時，柯南之前服下的感冒藥起了效果，恢復了工藤新一的身體，拼死從小屋逃脫後落入大海...原來，出發前，博士誤將灰原秘密開發的APTX4869解藥的試用品當作感冒藥給了柯南。
服部他們到處尋找失蹤了的柯南，卻在海上找到了工藤新一。但是，工藤新一似乎喪失了記憶...！？